Danişment Beyliği döneminde Nizamettin Yağıbasan tarafından Tokat ve Niksar'da inşa ettirilen bu medrese, aynı zamanda Çukur Medrese olarak da bilinir.
Yağıbasan Medresesi, 1148-1157 yılları arasında Danişmentli Sultanı Nizamettin Yağıbasan tarafından yapılmıştır. Bu medresenin önemi, Anadolu'daki en eski Türk-İslam medresesi olması. Aynı zamanda kapalı avlulu Anadolu medreselerinin ilk örneklerinden biri olmasıyla da dikkat çekiyor. Medresenin tonozlu odaları, ibadet alanı ve dershane işlevindeki eyvanlarıyla öne çıkan bir yapıya sahiptir.
Tokat'ın gezilecek yerleri arasında bulunan Yağıbasan Medresesi, tarihi ve kültürel önemiyle dikkat çekici bir yapıdır. 1151-1152 yıllarında inşa edilen medrese, kapalı avlulu medreselerin planlama anlayışını yansıtmaktadır. Avluyu örten 14 metre yüksekliğindeki kubbenin ortası açılıyor. Medresede, küçüklü büyüklü tonozlu odaların yanı sıra giriş eyvanının karşısında mescit ve dershane işlevindeki ana eyvan bulunur. 
Niksar'da bulunan Yağıbasan Medresesi ise Tokat'taki medreseyle aynı plana sahip olup yaklaşık 11 metre yüksekliğinde bir kubbeyle örtülüdür.
Yağıbasan Medresesi, şehir merkezinde bulunmakta olup çarşı otobüsleriyle ulaşım sağlanabilmektedir.
Medresenin 1247 tarihli kitabesine göre, Nizâmeddin Yağıbasan tarafından XII. geniş kapsamlı inşa edilmiş ve 1247'de kapsamlı bir onarım geçirmiştir. Zaman içinde bölge halkı tarafından demirhane, dükkân, depo gibi amaçlarla kullanıldı.
Yağıbasan Medresesi, kare planlı ve iki eyvanlı bir yapı olup avlusunun üzerindeki tromplarla yayılması geniş bir alana sahip kubbe ile örtülüdür. Eyvanlar arasında planlı tonozlu mekanlar bulunmaktadır. Medresenin girişi kuzey yönlü yer almakta olup günümüzde sade bir yaygın olarak korunmaktadır.
